Erzurum Kongresi’nin sonunda kongrede alınan kararları yürütmek üzere başkanlığını Mustafa Kemal’in yapacağı dokuz kişilik bir Temsil Heyeti seçildi. Heyet bundan sonra geçici bir hükumet gibi çalışmaya başladı. Bu arada Erzurum’daki çalışmalarını tamamlayan Mustafa Kemal de Temsil Heyeti üyeleriyle birlikte 2 Eylül 1919’da Sivas’a geldi. Mustafa Kemal ve arkadaşları Amasya Genelgesi ile Sivas’ta milli bir kongrenin toplanacağını duyurmuş ve illerden seçilecek delegelerin kongreye katılmalarını istemişlerdi. İstanbul Hükumeti ise bu çağrıyı yapanların ülkeyi Birinci Dünya Savaşı felaketine sürükleyen ittihatçılar olduğunu söyleyerek kongreyi halkın gözünde değersiz hale getirmeye çalışıyordu. Diğer yandan Anadolu’daki sivil ve askeri makamlara Mustafa Kemal’i tutuklamaları yönünde emirler göndererek kongrenin toplanmasını engellemek istiyordu. Aynı günlerde İtilaf Devletleri de Sivas’ı işgal tehdidinde bulunuyordu.
Sivas Kongresi, hükumetin ve İtilat Devletlerinin bütün engellemelerine rağmen yurdun dört bir yanından gelen delegelerin katılımıyla 4 Eylül 1919’da Sivas Lisesi salonunda toplandı. Temsil Heyeti Başkanı ve çağrı sahibi olarak kürsüye çıkan Mustafa Kemal açış konuşmasında, bu kongrenin vatanın tek bir bütün, milletin tek bir vücut olduğunu göstermek için toplandığını vurguladı. Bu konuşmanın ardından başkanlık seçimine geçildi ve Mustafa Kemal, İstanbul Hükümetinin etkisi altındaki bazı delegelerin muhalefetine rağmen kongre başkanlığına seçildi.
Sivas Kongresi’nde en sert tartışmalar manda ve himaye konusunda yaşandı. Kongreye katılan delegelerden bazıları güçlü devletlere karşı mücadele vererek ülkeyi bağımsızlığa kavuşturmanın imkansız olduğunu söylediler. Bu kişiler Amerikan mandasına girmenin en doğru yol olacağını savunarak kongreden bu yönde bir karar çıkartmaya çalıştılar. Ancak delegelerden çoğunun Mustafa Kemal’in savunduğu tam bağımsızlık fikrine destek verdiğini görünce manda önerisinden vazgeçmek zorunda kaldılar.
Mustafa Kemal, manda konusuyla ilgili görüşlerini açıklarken tepkisini İstanbul’dan gelen arkadaşlar, manda konusunda hak:, nasıl ısrar edebiliyor ve mandanın bağımsızlığı bozan bir unsur olmadığına inanıp bizleri de inandırmaya çalışıyorlar.” diyerek dile getirin Ardından da şunları söyler: İstanbul’dakiler ve buradakiler (mandacılar) umutsuz ve hasta insanlardır Yabancı işgalin baskısı altında, cesaret ve umutlarını yitirmiş olmanın verdiği üzüntüyle ve hastalık!, bir ruh hali içinde hareket ediyorlar. Bunun başka bir açıklaması yoktur. Bir milletin istiklal hakkını aramasından ve bu yolda gerekiyorsa son damla kanını akıtmasından daha doğal ne olabilir? Şerefsiz ve İstiklalsiz esir bir milletin çocukları olarak yaşamak yerine, 26 efendice ve kahramanca ölmek elbette bize yakışan seçimdir. Bunu anlamamak ne garip mantıktır”
Mustafa Kemal, Sivas Kongresi’ndeki başarılı yönetimiyle iyi bir yönetici ve devlet adamı olduğunu gösterdi. Kongre sonunda, Erzurum Kongresi kararları yurdun tümünü kapsayacak şekilde aynen kabul edildi. Erzurum Kongresi’nde oluşturulan Temsil Heyetinin tüm yurdu temsil etmesine karar verildi. Ayrıca yurt çapında faaliyet gösteren milli cemiyetler Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti adıyla tek çatı altında toplandı.
Mustafa Kemal ülkenin durumunu ve yapılması gerekenleri halka anlatmada basının önemli bir rol oynadığının farkındaydı. Bu nedenle Sivas’ta bulunduğu sırada kongre kararlarının gerçekleşmesi yönünde yayın yapmak üzere İrade-i Milliye gazetesini çıkarmaya başladı.
Erzurum ve Sivas kongrelerinin yanı sıra; Mücadele’nin hazırlık döneminde ülkemizin çeşitli yerlerinde başka kongreler de düzenlenmiştir. Katılımcıları ve amaçları bakımından yerel nitelikli olan bu kongrelerin başkaları Balıkesir, Alaşehir, Nazilli, Edirne, Kars ve Trabzon’da yapılmıştır. Bu kongrelerin mil!? cemiyetlerin kurulmasına ve Kuvayımilliye ruhunun güçlenmesine önemli katkıları olmuştur.
Anadolu’da başlayan Milli Mücadele hareketi Mustafa Kemal’in birleştirici ve bütünleştirici kişiliğinin etkisiyle her geçen gün daha fazla güç kazanıyordu. Sadrazam Damat Ferit Paşa’nın başında bulunduğu İstanbul Hükumeti ise bu hareketi yok etmek için her yolu deniyordu. Buna karşılık Temsil Heyeti de hükumetin düşmanca tutumunu protesto etmek için sivil ve asker; makamlara İstanbul ile her türlü ilişkiyi ve haberleşmeyi kesmelerini emretti. Böylece hükumete milli iradenin yükselen gücü karşısında 27 daha fazla direnemeyeceğini göstererek Damat Ferit’i istifa etmek zorunda bıraktı.