Mustafa Kemal bütün çalışmalarında planlı hareket eden bir liderdi. O, bu kişisel özelliğini Osmanlı Mebusan Meclisinin toplanacağı günlerde de gösterdi ve Ankara’da Mebusan Meclisine katılacak milletvekilleriyle görüşmeler yaptı. Bu görüşmeler sırasında onlardan, kendisinin hazırladığı Misakımilli belgesini mecliste kabul etmelerini istedi. Osmanlı Mebusan Meclisi 12 Ocak 1920’de İtilaf Devletlerinin kontrolündeki İstanbul’da toplandı. 28 Ocak 1920 tarihli gizli oturumunda da Misakımilli’yi (Milli Ant) kabul etti. Böylece tarihi görevini yerine getirerek milli mücadele hareketine önemli bir hizmette bulundu.
Erzurum ve Sivas kongrelerinde alınan kararlara dayanılarak hazırlanan Misakımilli’nin esasları şunlardır:
1. Mondros Mütarekesi’nin imzası sırasında düşman devletlerinin işgali altında kalan ve özellikle Arap çoğunluğun yaşadığı yerlerin geleceği o bölge halkının serbestçe verecekler! oylara göre tayin edilecektir. Bunun dışında kalan Türk ve İslam çoğunluğunun bulunduğu bölgeler ise bölünemez ve ayrılmaz bir bütün sayılacaktır.
2. Halk oyu ile ana vatana katılmış olan Kars, Ardahan ve Batum için gerekirse tekrar serbestçe halk oyuna başvurulması kabul edilecektir.
3. Batı Trakya’nın hukuki durumu orada oturanların tam bir hürriyetle verecekler’ oylara uygun olacaktır.
4. İstanbul şehri ve Marmara’nın güvenliği her türlü tehlikeden uzak kalmalıdır Boğazların dünya ticaretine ve ulaşımına açılması bizim ve ilgili diğer tüm devletlerin birlikte verecekleri karara bağlı olacaktır.
5. Azınlıkların hakları, komşu ülkelerdeki Müslüman halkın da aynı haklardan yararlanması şartıyla tarafımızdan tanınacak ve sağlanacaktır.
6. Siyasi, adli ve mali gelişmemize engel olacak sınırlamalar kaldırılacaktır.
Misakımilli’nin kabulü ile birlikte milli ve bölünmez Türk vatanının sınırları çizildi. Yine bu belgeyle her türlü baskı ve kısıtlamalar reddedilerek tam bağımsızlık hedefinden geri adım atılmayacağı ve Türk milletinin kendi geleceğine kendisinin karar vereceği dünyaya ilan edildi.
Mebusan Meclisi üyelerinin Türk milletini temsilen Misakımilli’yi kabul etmeleri üzerine İtilaf Devletleri kararın geri alınması yönünde hükumete baskı yapmaya başladılar. 16 Mart 1920’de de İstanbul’u resmen işgal ederek karakolları, telgrafhaneleri ve devlet dairelerin’ kontrol altına aldılar. Meclisi Mebusanı basarak Milli Mücadele’yi destekleyen bazı milletvekillerini tutukladılar. Bu milletvekilleri ile birlikte aralarında asker ve sivil yetkililerin de bulunduğu vatanseverleri Malta Adası’na sürgüne gönderdiler.
Ankara’da bulunan Mustafa Kemal işgal haberini alır almaz yayımladığı bir protesto bildirisi ile işgalin haksızlığını tüm dünyaya ilan etti. Ayrıca İstanbul’daki tutuklamalara karşılık Anadolu’nun çeşitli yerlerinde bulunan İngiliz subaylarının derhal tutuklanmasını emretti.